据IGN报道，《尼尔：自动人形Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预旧版。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……