在森林的入口，“雪成”与少女“永久”邂逅。接受了永久说的“如果你听到了森林的声音，就不能乱走动”的忠告后，雪成走进了森林。雪成在森林里为了守护被猎人追捕的“雪拉比”，被“穿梭时空的力量”卷入，带到了40年后的未来。在40年后的世界，雪成认识小智他们。但是在这世界里，火箭队史上最强的男人“比夏斯”正打算捕猎雪拉比。比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比从小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与雪成拚命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化……激烈的对战中，传说的宝可梦“水君”出现了！小智他们能否拯救雪拉比和森林呢！？