《星空奇迹》的故事讲述了憧憬着恋爱和星空的天文部成员eee。在暑假，独自踏上了天体观测的旅途。“有谁在呼唤着我……”这样的不可思议的心情和那闪耀着光辉的陨石碎片，激励着梢继续旅行。答案一定就在星星之中……在旅途之中的天文馆，梢遇到了一个有着寂寞眼神的少年。梢非常中意这个少年，但是由于他生来所背负的使命，二人被无情地隔绝了。为了打开少年封闭的心灵，梢行动了起来。在满天星斗的照耀下，奇迹之夜诞生了……