过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争eee。然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯。数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。——对抗Servant的是Servant。“圣杯战争”的系统被变更。以罗马尼亚的图利法斯为舞台，前所未有的七对七规模的战争“圣杯大战”拉开了帷幕。