若葉鎮的健太培育神奇寶貝與人對戰和神奇寶貝一起變強，在這個世界是極為普通的男孩。他與伙伴火暴獸們一同旅行。有一天，在他落腳的神奇寶貝中心，偶然與青梅竹馬的瑪莉娜再度見面。想彼此確認對方現在的實力，兩人展開了神奇寶貝對戰，但突然間足以震動大地的驚人雷聲轟下，天空佈滿了雷雲，閃電也打了下來…