回说到NEO同学终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活"的同时，他也变成了无所不能“救世主"结尾的“飞升"象征着人类超级英雄的诞生：NEO将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之。他的使命会实现吗？矩阵会那么甘心被摧毁吗？在寻找矩阵系统内唯一知道系统弱点的“制钥者"的过程中，NEO、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难……