“只属于自己的宝物”究竟是什么呢？故事的舞台位于帕底亚地区，那里有着多彩的自然，人与宝可梦生活在一起。“我想请你们为新生和转学生制作一段影片，传达学院的美好之处。”某天，有3位学生如此受到了学院校长克拉韦尔的拜托。他们分别是擅长吹奏长笛，但想要逃离演奏会带来的压力，性格内敛的小原；非常喜欢宝可梦对战，一心想要打败妮莫，性格固执的艾力奇斯；以及过分执着于寻找独家新闻而总给他人添麻烦，性格天真的荷马。自顾不暇的他们多少有些磨合不来。然而，随着和宝可梦一起成长，3人的步调逐渐变得统一…